วัดพญาภูพระอารามหลวง เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญ ตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 1956 และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อ พ.ศ. 2461 เขตวิสุงคาม กว้าง 7.6 เมตร ยาว 17.5 เมตร เป็นวัดเก่าแก่วัดหนึ่งที่มีความสําคัญของจังหวัดน่าน ตามพงศาวดารเมืองน่านกล่าวไว้ว่าพระยาภูเข็ง (พญาภู) แห่งราชวงศ์ภูคา ซึ่งเป็นเจ้าผู้ครองเมืองน่าน ระหว่าง พ.ศ. 1950-1960 ได้สร้างวัดพญาภูขึ้น เมื่อ พ.ศ. 1956 ต่อมาเจ้าผู้ครองเมืองน่านทุกพระองค์ได้ให้ความอุปถัมภ์วัดพญาภูตลอดมา จนกระทั่ง พ.ศ. 2400 พระเจ้าอนันตวรฤทธิเดช เจ้าผู้ครองเมืองน่าน ได้บูรณะปฏิสังขรณ์วัดพญาภู เช่น บูรณะพระเจดีย์ ซึ่งก่ออิฐถือปูน เป็นเจดีย์โบราณ ขนาดฐานกว้าง 14 เมตร สูง 25 เมตร

               ในปี พ.ศ. 2461 วัดพญาภู ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาและได้ขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน ตามที่ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 61 ตอนที่ 65 เมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 2487 เลขที่ 11 จากตํานานการสร้างวัดพญาภู ซึ่งพระชยานันทมุนี (พรหม พฺรหฺมโชโต) อดีตเจ้าคณะจังหวัดน่าน วัดกู่คํา ได้แปลจากต้นฉบับอักษรพื้นเมือง (ประชุมตํานานล้านนาไทย) และได้ถอดข้อความเดิมดังต่อไปนี้

               ในปี พ.ศ. 1956 พระยาภูเข็ง เจ้าผู้ครองเมืองน่านในสมัยนั้น ได้ทราบข่าวว่า ฮ่อแมนตาตอก (ชาวฮ่อ) ได้ยกทัพมาตีหัวเมืองล้านนา เป็นเหตุให้พระองค์ทรงร้อนพระทัยเป็นอย่างยิ่งจึงได้ตั้งสัตยาธิษฐานถึงสิ่งศักดิ์สิทธิ์ทั้งหลายให้ช่วยปกป้องคุ้มครองประชาชนในจังหวัดน่านให้สงบร่มรื่นพ้นจากภัยอันตรายทั้งหลาย ในขณะนั้นมีพระมหาเถรเจ้าองค์หนึ่งซึ่งเป็นผู้ที่ได้รับทราบตํานานพระธาตุเจ้าต่างๆ ที่อยู่ในจังหวัดน่านอันได้นํามาจากเมืองลังกา จึงได้เดินทางมาบูชาพระธาตุเขาน้อย พระธาตุกู่คํา พระธาตุแช่แห้ง และวัดสวนตาล พระยาภูเข็งได้ทราบข่าวการมาของพระมหาเถรเจ้าองค์นี้จึงได้ให้คนไปนิมนต์พระมหาเถรเจ้าองค์นั้นเข้ามาสู่โรงหลวง และได้เล่าว่าขณะนี้มีฮ่อแมนตาตอกได้ยกทัพมาตีหัวเมืองล้านนาคือเมืองเชียงแสน เมืองเชียงราย เมืองเชียงของ เมืองลอ เมืองเทิง เมืองพะเยา และอาจมาตีเมืองน่านด้วย จึงใคร่ขอความเมตตาจากพระมหาเถรเจ้า ได้เป็นที่พึ่งพิงและปกป้องประชาชนชาวเมืองน่านให้รอดพ้นจากภัยพิบัติครั้งนี้ด้วย

               พระมหาเถรเจ้า จึงได้ตั้งจิตอธิษฐานแล้วกล่าวว่า "เมืองน่านของพระองค์ท่านนั้นมีความเจริญรุ่งเรืองมาแล้ว ไม่ควรที่จะตกเป็นเมืองขึ้นของผู้ใด" พระมหาเถรเจ้าจึงกล่าวกับพระยาภูเข็งว่า "ถ้าต้องการให้รอดพ้นจากข้าศึกศัตรูก็ขอให้สร้างพระพุทธรูปองค์ใหญ่องค์หนึ่งนอนขวางเมืองไว้ที่วัดพระธาตุแช่แห้ง (ปัจจุบันคือพระไสยาสน์ในวิหารพระนอน วัดพระธาตุแช่แห้ง) และสําหรับในตัวเมืองทางทิศตะวันออกเฉียงใต้นั้นให้สร้างพระเจดีย์ธาตุขึ้นอีกองค์หนึ่ง (ปัจจุบัน คือ เจดีย์วัดพญาภู)" พระยาภูเข็ง จึงได้สร้างพระนอนและพระเจดีย์ธาตุขึ้นตามคําแนะนําของพระมหาเถรเจ้าองค์นั้น ในการสร้างพระเจดีย์ธาตุวัดพญาภูนั้น พระยาภูเข็งรับคําแนะนําจากพระมหาเถรเจ้าให้จัดธูป เทียนอย่างละ 8 คู่ แล้วตั้งจิตอธิษฐานอันเชิญพระธาตุแห่งพระสัพพัญญูโคตมะเจ้าให้มาประดิษฐาน ณ พระเจดีย์ ในขณะเดียวกันนั้นพระธาตุแห่งพระสัพพัญญูโคตมะเจ้าก็ได้เสด็จมาทางอากาศ 4 องค์ใหญ่ เท่าถั่วหักมีสีต่างๆ กัน คือ สีแดง สีเหลือง สีขาว และสีเขียว ตั้งอยู่บนขันนั้น ซึ่งเป็นที่น่าอัศจรรย์อย่างยิ่ง และพระธาตุทั้ง 4 องค์นั้นก็แสดงปาฏิหาริย์ปรากฏขึ้น คือพระธาตุได้เปล่งแสง สว่างไสวไปทั่วเมือง ถือเป็นเหตุการณ์อันน่าอัศจรรย์เป็นอย่างยิ่ง พระยาภูเข็งจึงโปรดให้สร้างสถูปใส่พระธาตุเข้าแล้วนําไปบรรจุไว้ในพระเจดีย์เสร็จแล้วก็จัดให้มี การฉลองสมโภชองค์พระธาตุเจดีย์นั้นโดยนิมนต์พระสงฆ์มาเจริญปริตรมงคล ถวายไทยทาน ในกลางคืนที่มีการฉลองสมโภชองค์พระเจดีย์นั้น โดยเดชานุภาพของพระพุทธรูปไสยาสน์ วัดพระธาตุแช่แห้งและพระธาตุเจ้าเจดีย์วัดพญาภูก็บังเกิดเป็นพายุใหญ่ฝนฟ้าคะนอง เกิดฟ้าผ่าลงกลางกองทัพฮ่อแมนตาตอกไม่สามารถตั้งทัพอยู่ได้ จึงแตกกระจัดกระจายหนีไปในกลางคืนนั้นพระยาภูเข็งได้ให้ผู้คนไปขนเอาศาสตราวุธ ม้าลา ของกองทัพฮ่อแมนตาตอกเข้ามาไว้ในเมืองหมดตั้งแต่นั้นมาบ้านเมืองก็สงบเรียบร้อยไม่มีข้าศึกศัตรูเข้ามารุกรานอีก